生物学论文_南海珊瑚微生物组的空间变化及其环
文章目录
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
1.1 珊瑚礁生态系统的分布、功能与现状
1.1.1 珊瑚礁的全球分布特征与生态功能
1.1.2 珊瑚礁生态系统多样性-从宏观到微观
1.1.3 珊瑚礁生态现状
1.2 珊瑚礁微生物组及其功能
1.2.1 珊瑚共生功能体(holobiont)与微生物组(microbiome)
1.2.2 珊瑚共生虫黄藻及其功能
1.2.3 珊瑚共/附生细菌及其功能
1.2.4 共生微生物组中的“暗物质”—病毒
1.2.5 珊瑚礁水域微生物组及其功能
1.3 微生物组对珊瑚环境适应性的指示意义
1.3.1 虫黄藻多样性与群落组成对珊瑚响应热压力的指示意义
1.3.2 细菌多样性与群落组成对珊瑚响应热压力与环境变化的指示意义
1.3.3 病毒对珊瑚响应热压力与珊瑚疾病的指示意义
1.3.4 珊瑚礁水域微生物组对珊瑚响应热压力、环境变化与珊瑚疾病的指示意义
1.4 拟解决的科学问题与技术路线
1.5 围绕科学问题所具体开展的工作
第二章 研究区域概况、研究材料与方法
2.1 南海珊瑚礁分布特征及其重要性
2.2 南海珊瑚礁生态区划及其特征
2.2.1 南海相对高纬度珊瑚礁/群落
2.2.2 南海生物地理过渡区
2.2.3 南海中纬度珊瑚礁
2.2.4 南海低纬度珊瑚礁
2.3 珊瑚生态调查、优势种鉴定与样本采集
2.3.1 珊瑚生态调查与优势种鉴定
2.3.2 珊瑚组织样本采集
2.3.3 珊瑚礁水体样本采集
2.4 微生物组测定与分析
2.4.1 微生物组总DNA提取
2.4.2 虫黄藻PCR扩增与Illumine Mi Seq测序
2.4.3 虫黄藻生物信息学分析
2.4.4 虫黄藻分子生态数据统计分析
2.4.5 细菌PCR扩增与Illumine Mi Seq测序
2.4.6 细菌生物信息学分析
2.4.7 细菌分子生态数据统计分析
2.4.8 珊瑚微生物交互作用网络分析
2.4.9 病毒全基因组扩增、文库构建与Novaseq6000 测序
2.4.10 宏病毒组生物信息学分析
2.4.11 病毒分子生态数据统计分析
2.5 耐热型共生虫黄藻群体遗传学分析
2.5.1 虫黄藻种水平的初步筛选
2.5.2 群体PCR扩增、毛细管电泳检测与虫黄藻物种鉴定
2.5.3 微卫星数据分析
第三章 南海珊瑚礁水域微生物组的空间分布及其生态意义
3.1 南海珊瑚礁水域微生物组的组成与功能特征的空间分布模式
3.1.1 南海珊瑚礁水域虫黄藻的空间分布模式
3.1.2 南海珊瑚礁水域细菌的空间分布模式及其功能
3.1.3 南海珊瑚礁水域病毒的空间分布模式及其功能特征
3.2 南海珊瑚礁水域中虫黄藻的空间分布模式及其与珊瑚环境适应性的关系
3.3 南海珊瑚礁水域中细菌空间分布模式及其与环境压力、珊瑚适应性的关系
3.4 南海珊瑚礁水域病毒的空间分布差异及其与珊瑚疾病、热压力的关系
3.5 小结
第四章 南海珊瑚共生虫黄藻的空间分布、系统进化模式及其与环境因子的关系
4.1 南海珊瑚共生虫黄藻多样性与群落结构的空间变化特征
4.1.1 南海珊瑚共生虫黄藻的多样性
4.1.2 南海珊瑚共生虫黄藻群落组成
4.1.3 南海珊瑚共生虫黄藻群落结构、系统发育关系及其与环境因子的关系
4.2 南海珊瑚共生虫黄藻α多样性的纬度变化及其环境因子的关系
4.3 南海珊瑚共生虫黄藻群落组成的纬度变化及其与环境因子的关系
4.4 共生体祖先类型差异性对南海共生虫黄藻系统进化关系、环境适应性的影响
4.5 小结
第五章 南海广布型珊瑚微生物组的空间变化及其与珊瑚环境适应性的关系
5.1 南海广布型珊瑚的微生物组功能体征及其交互作用
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